Vào tháng 6 năm 1903, Pershing được lệnh trở về Hoa Kỳ. Tổng thống Theodore Roosevelt, ấn tượng với khả năng của Pershing, kiến ​​nghị thăng hàm đại tá cho Pershing. Vào thời điểm đó, Việc thăng hàm quân đội chủ yếu dựa vào thâm niên chứ không phải khả năng, và mặc dù có sự thừa nhận rộng rãi rằng Pershing xứng đáng với chức danh đại tá. Tổng tham mưu quân đội đã từ chối thay đổi truyền thống. Điều này khiến Roosevelt tức giận, nhưng Tổng thống chỉ có thể thăng cấp với các sĩ quan quân đội ở cấp bậc tướng, nên đề nghị thăng hàm cho Pershing bị hạn chế.

Năm 1904, Pershing được bổ nhiệm làm Trợ lý Trưởng bộ phận Quân đội Tây Nam đóng quân tại Oklahoma.

Vì Roosevelt không thể thăng hàm cho Pershing, ông đã kiến ​​nghị Quốc hội Hoa Kỳ cho phép Pershing được đóng vai trò tùy viên quân sự ở Tokyo năm 1905. Cũng vào năm 1905, Pershing kết hôn với Helen Frances Warren, con gái của Thượng nghị sĩ Hoa Kỳ Francis E. Warren, một người Cộng hòa, đã phục vụ vào những thời điểm khác nhau với tư cách là Chủ tịch Ủy ban Quân sự và Ủy ban phân bổ. Hôn nhân với con gái của một chính trị gia mạnh mẽ, cuối cùng Pershing cũng đã nhận được Huân chương Danh dự trong cuộc nội chiến Mỹ tiếp tục đã hỗ trợ sự nghiệp của Pershing ngay cả sau khi vợ ông qua đời vào năm 1915.

Sau khi phục vụ như một tùy viên quân sự trong cuộc chiến tranh Nga-Nhật gắn liền với quân đội của Tướng quân Kuroki Tamemoto ở Mãn Châu từ tháng 3 đến tháng 9 năm 1905. Pershing trở về Hoa Kỳ vào mùa thu năm 1905. Tổng thống Roosevelt sử dụng quyền hành để bổ nhiệm Pershing làm thiếu tướng, một động thái mà Quốc hội đã thông qua. Trong bổ nhiệm vượt cấp đã dẫn đến cáo buộc rằng việc bổ nhiệm Pershing là kết quả cho liên minh chính trị mà không phải năng lực quân sự của Pershing.

Năm 1908, Pershing đã phục vụ một thời gian ngắn với tư cách là một tùy viên quân sự của Mỹ ở Balkans. Khi trở về Hoa Kỳ vào cuối năm 1909, Pershing được giao nhiệm vụ tại Philippines cho đến năm 1913. Trong khi ở Philippines, ông từng là Tư lệnh của Fort McKinley, gần Manila, và cũng là thống đốc tỉnh Moro. Đứa con út của Pershing được sinh ra ở Philippines, và trong thời gian này, ông trở thành tín đồ của Giáo hội Episcopal.

Năm 1913 Pershing được đề cử cho Huân chương Danh dự sau những chiến công của mình trong Trận Bud Bagak. Năm 1940, Pershing nhận huân chương Thập tự cho chiến công của mình tại Bud Bagsak do Tổng thống Franklin D. Roosevelt trao tặng.